Comment dessiner un dipeptide à un ph spécifique

Ce guide fournira une introduction aux définitions, aux acides aminés de base et à un exemple de la manière de dessiner un dipeptide. Un dipeptide se compose de deux résidus d`acides aminés pendant que des polypeptides sont composés de plus de deux. Ces structures sont importantes car elles aident à constituer des protéines dans le corps et ont également des rôles dans les mécanismes de réaction. En dessinant les groupes dorsaux et fonctionnels, des mesures détaillées seront données pour apprendre à modifier ces groupes sur la base d`un pH spécifique, une échelle pour mesurer l`acidité ou la basicité d`une solution. En sachant comment la structure ressemblera dans certaines conditions, cela donnera aux élèves une meilleure compréhension de la manière dont ils sont utilisés dans des réactions. Thiswill aidez également à dessiner des peptides composés de plus de deux acides aminés.

Pas

Partie 1 de 3:
Définitions d`apprentissage et structures de base.
  1. Image intitulée Écran Screen 2021 02 20 à 6.58.54 PM.jpg
1. Connaître les définitions de base. Un dipeptide est un composé organique constitué de deux acides aminés. Il a deux composants, une colonne vertébrale et des groupes fonctionnels attachés.
  • 2. Apprenez les 20 acides aminés de base. Les 20 acides aminés peuvent être trouvés via une recherche sur Internet. Apprendre leurs structures, leurs abréviations à trois lettres et leurs groupes fonctionnels qui seront utilisés ultérieurement pour remplacer la "R" Dans la structure de base.
    • Partie 2 de 3:
    Dessiner le dipeptide de base
    1. Dessine un seul acide aminé. Chaque amino commence par une extrémité amine (NH3 +) et une extrémité carbonyle (coo-). Commençant par l`amine fin, écrivez "NH3+" et à partir de là, dessinez une ligne jusqu`à la droite, créant un point appelé C1 pour représenter le carbone 1. Puis de C1, dessinez une ligne vers le bas et à droite pour créer un autre point appelé C2. Enfin, de C2 dessinez une ligne jusqu`à la droite et à la fin de la ligne, écrivez "O-". À C1 dessinez une ligne directement et écrivez "R" Pour représenter un groupe fonctionnel qui sera remplacé ultérieurement. À C2, dessinez deux lignes tout droit et écrivez "O". Ceci termine un dessin d`un seul acide aminé.
    Image intitulée Screen Shot 2021 02 20 à 7.32.44 p.jpg
  • Image intitulée Screen Shot 2021 02 20 à 7.38.22 PM.jpg
    Image intitulée Screen Shot 2021 02 20 à 7.38.22 PM.jpg
    2. Connecter deux acides aminés. Pour créer un dipeptide, les acides aminés simples doivent être connectés. Démarrez le dessin à nouveau comme indiqué à l`étape précédente, mais à C2, dessinez la ligne vers la droite et écrivez "NH" à la fin au lieu de "O". À partir de là, dessinez une ligne vers le bas et à droite de créer un point appelé c3. À C3, une ligne sera établie à droite pour créer un point appelé c4. Enfin, une ligne sera tirée à droite et à la fin de la ligne écriture "O-". À C3, dessinez une ligne directement vers le bas et écrivez "R" , qui sera remplacé ultérieurement par un groupe fonctionnel. À C4, dessinez deux lignes tout droit et écrivez "O" à la fin. Ceci termine un dessin d`un dipeptide de base.
    • Partie 3 sur 3:
    Ajouter les groupes fonctionnels
    1. Image intitulée Screen Shot 2021 02 20 à 8,11,40 pm.jpg
    1. Regardez l`abréviation à trois lettres et choisissez l`acide aminé correct. Par exemple, le dipeptide Tyr-lys sera utilisé comme exemple. Les acides aminés appropriés sont dessinés ci-dessous.
  • Image intitulée Screen Shot 2021 02 20 à 8.37,44 pm.jpg
    Image intitulée Screen Shot 2021 02 20 à 8.37,44 pm.jpg
    2. Remplacer "R" avec les groupes fonctionnels acides aminés. À C1, le groupe fonctionnel de Tyr sera attiré pour remplacer "R". À C3, le groupe fonctionnel de Lys sera attiré pour remplacer "R".
  • 3. Sachez comment les extrémités de pH alternent et des groupes fonctionnels. Basé sur le pH un dipeptide, et le pk relatifune Valeurs, cela détermine si l`extrémité amine, l`extrémité carbonyle et les groupes fonctionnels spécifiques sont protonés (h ajoutés) ou déprotonés (H enlevés).

    • Si pH< paquetune, alors il est protoné. Si pH>paquetune, alors il est déprotoné. Une table de l`acide aminé pkune Les valeurs sont affichées mais la mise au point sera sur le PKune des chaînes latérales indiquées en rouge.

    Image intitulée Screen Shot 2021 02 26 à 9.47.42 PM.jpg
    Image intitulée Screen Shot 2021 02 26 à 9.47.42 PM.jpg
    1. Image intitulée Écran Screen 2021 02 20 à 8.43.50 PM.jpg
      Image intitulée Écran Screen 2021 02 20 à 8.43.50 PM.jpg
      1. Alter extrémités en fonction de pH spécifique. Le pH dans cet exemple sera pH 7. Pour l`amine fin, le pkune sera toujours 9. Depuis le pHune, L`amine fin est protonée et il restera NH3 + (si déprotoné, ce sera NH2). Pour l`extrémité carbonyle, la PKune sera toujours 3. Depuis le pH>paquetune, L`extrémité carbonyle est déprotonated et il restera o- (si elle sera protonée, elle sera oh).
    2. 2. Modifier les groupes fonctionnels basés sur un pH spécifique. Seules les chaînes latérales acides et basiques seront modifiées ainsi que la cystéine et la tyrosine d`acides aminés polaires. Reportez-vous au tableau dans la partie 3, étape 3.

    PKA de Tyr = 10.07, le pHune Donc, il sera protoné et restera oh (si elle est déprotonnée, elle sera O-).PKa de lys = 10.79, le pHune, Il est protoné de sorte que ce soit NH3 + (si déprotonisé sera NH2).

    Enfin, vous avez terminé un dessin d`un dipeptide à un pH spécifique.

    Image intitulée Screen Shot 2021 02 26 à 9.15.10 PM.jpg
    Image intitulée Screen Shot 2021 02 26 à 9.15.10 PM.jpg

    Conseils

    Articles connexes